Магат нас поднимет

После окончания игровой карьеры, Магат начал работать менеджером, сначала в «Гамбурге», а затем в «Юрдингене».

В 1992 году он начал карьеру тренера в клубе «Бремерхафен», выполняя функции играющего тренера, через год принял пост наставника второй команды «Гамбурга», затем ещё через несколько месяцев - уже пост со-тренера первой команды клуба, а 6 октября 1995 года единолично возглавил «Гамбург». Тогда сразу бросились в глаза его авторитарные методы работы: Магат не терпел советов и возражений ни от футболистов, ни от руководителей клуба, например, когда руководство «Гамбурга» пришло на одно из его занятий, он их прогнал со словами: «Зачем вы сюда припёрлись? Ваше место — в офисе. А тут пахнет травой». В «Гамбурге» Магат начал практиковать лыжные пробеги, на 3,5 и 10 км, обычно победу в которых одерживал Сергей Кирьяков. В 1997 году Магат был уволен. Затем Магат руководил «Нюрнбергом», который он вывел в бундеслигу, «Вердером», который Магат «спас» от вылета из бундеслиги, и «Айнтрахтом», в первый сезон с которым он сохранил «прописку» в бундеслиге, а во втором после 5-ти месяцев был уволен. С «Айнтрахтом» Магат начал пратиковать упражения на общефизическую выносливость, во время которой игроки совершали кроссы на 12 км, причём первый км игроки пробегали, а второй — проходили пешком. Во время работы с этими клубами у Магата появилась репутация «пожарника», то есть специалиста, принимающего клуб только когда он находится под угрозой «вылета» в низший дивизион или борющегося за выход в высшую лигу.
Магат на школьной Олимпиаде в Дрездене. 2008 год

23 февраля 2001 года, всего через месяц после увольнения из «Айнтрахта», Феликс Магат занял пост наставника клуба «Штутгарт». Магат сразу изменил тренировочный процесс команды: взамен обычных тренировок команда стала подвергаться множеству чрезвычайно интенсивных упражнений, что помогло команде избежать вылета во вторую бундеслигу. Через год клуб занял 8-е место, а в сезоне 2002—2003 команда заняла второе место в чемпионате, получив «путёвку» в Лигу чемпионов. Сам Магат вспоминал: «Мне повезло, что в „Штутгарте“ собрались ещё не испорченные большим футболом талантливые игроки, они были похожи на пластилин - лепи из них, что хочешь. Никто не возражал, не роптал. К тому же ветераны Красимир Балаков и Звонимир Сольдо повели себя порядочно: вкалывали наряду с молодняком». Через год «Штутгарт» занял 4-е место, лишь в последнем туре уступив «бронзу» обыгравшему «Байеру». Но ещё до этого, 18 мая 2004 года, Ули Хёнесс, менеджер мюнхенской «Баварии», объявил, что в следующем сезоне Магат станет главным тренером его клуба. А саму кандидатуру Магата предложил бывший наставник Феликса в сборной Германии Франц Беккенбауэр.

В первый же сезон Магата в мюнхенском клубе Бавария сделала «дубль», выиграв чемпионат и кубок Германии, но в лиге чемпионов Бавария вылетела уже на стадии четвертьфинала, проиграв лондонскому «Челси». Через год «Бавария» вновь сделала «дубль», чего два раза подряд не удавалось ни одной команде до неё, но первоочередной задачей перед Магатом была поставлена победа в чемпионской лиге. Однако выступление команды в этом турнире было ещё хуже, чем в прошлом сезоне: команда вылетела в 1/8 финала, уступив дорогу «Милану», который на Сан-Сиро к тому же разгромил «Баварию» со счётом 4:1, что вызвало разговоры о отставке Магата, состоявшейся через год. 31 января 2007 года, после второго тура второго круга, Феликс Магат был уволен с поста главного тренера мюнхенской «Баварии» из-за положения на внутренней арене, когда команда занимала лишь 4-е место после первого круга и неудач предыдущих лет в Европе.

После увольнения из «Баварии» Магат некоторое время проработал комментатором на телекомпании Pay, а 30 мая 2007 года стало известно, что, начиная с 15 июня этого же года, Магат возглавит клуб «Вольфсбург» не только в качестве главного тренера, но и спортивного директора команды, подписав контракт до 30 июня 2010 года. «Вольфсбург» в закончившемся сезоне занял 15-е место при том условии, что уже 16-я команда «отправлялась» во вторую бундеслигу. В первом же сезоне с Магатом во главе Вольфсбург занял 5-е место, наивысшее во всей истории клуба. Подготовку к сезону 2008—2009 Магат начал, отправив игроков тренироваться на нудистский пляж, желая побудить своих игроков к тренировкам[2], а во время одного из занятий Магат увидел на берегу лодки, после чего заставил игроков делать заплывы по гребле, по 4 футболиста на лодку. После этих предсезонных сборов Вольфсбург очень сильно провёл сезон, сделав ставку на атаку[3]. Клуб долгое время шёл в группе лидеров, но лишь в 26-м туре, 4 апреля, разгромив со счётом 5:1 бывший клуб Магата, мюнхенскую «Баварию», команда вышла на 1-е место в бундеслиге[4]. При этом Магат продолжал успокаивать всех, говоря, что цель «волков» — место в 5-ке[5]. 23 мая «Вольфсбург» разгромил со счётом 5:1 клуб «Вердер» в последнем туре, обеспечив завоевание чемпионского титула[6], ставшего для Магата третьим в его тренерской карьере. По ходу чемпионата Магат не смог договориться с «Вольфсбургом» по поводу увеличения суммы контракта и принял решение покинуть свой пост по окончании сезона[7].
Магат в «Шальке-04»

6 мая Магат подписал контракт с клубом «Шальке-04» сроком действия до 30 июня 2013 года[8]. В первом своём сезоне Феликс привёл клуб ко второму месту в бундеслиге. По окончании сезона руководство клуба, воодушевлённое этим успехом, выделило Магату серьёзные финансовые средства, которые были потрачены на покупку 14 новых игроков, среди которых были Рауль и Клас-Ян Хюнтелар. Однако клуб начал чрезвычайно неудачно, набрав в первых 10 турах лишь 7 очков; тем не менее руководство «Шальке» всё же выразило доверие Магату[9]. 16 марта 2011 года без объяснений уволен с поста главного тренера «Шальке-04». Предположительная причина увольнения - неучастие Магата в заседании совета директоров, поскольку он посчитал свое присутствие бессмысленным[10][11]. 18 марта 2011 года назначен на пост главного тренера «Вольфсбурга». Контракт подписан до 30 июня 2013 года[12][13][14]. 29 мая 2012 года продлил контракт с «Вольфсбургом» до 30 июня 2015 года[15]. Однако после первых восьми туров «Вольфсбург» расположился на последнем месте, и 25 октября 2012 года тренер покинул занимаемый пост[16].